Le musée a été bâti autour d'une ferme du XVIIIe siècle, sur la colline de la Clape au Cap d’Agde, et ouvert au public en 1985. C'est seulement en mai 1987 que le célèbre bronze est définitivement revenu, lors de l'inauguration du Musée de la Clape, désormais rebaptisé « Musée de l'Ephèbe et d’archéologie sous-marine»Un lieu de conservation et de recherches
Avec la loi du 4 janvier suivi de son décret d’avril 2002, le musée de l’Ephèbe et d’archéologie sous-marine a reçu l’appellation « Musée de France », label attribué par le Ministère de la Culture. De ce fait, il voit ses moyens renforcés dans le domaine de la conservation et de l’étude des œuvres, dans la présentation et la diffusion des connaissances au public. Cette nomination lui impose un service de qualité auprès du public, une protection optimale des œuvres pour les transmettre en l’état aux générations futures en plus d’une étude approfondie, une excellente présentation des collections d’archéologie subaquatique et sous-marine, fruits des découvertes fortuites et des recherches scientifiques autour du littoral agathois, depuis plus de 50 ans.
Le Musée de l’Ephèbe et d’archéologie sous-marine est un lieu d’études, de recherches et de conservation. Sous la tutelle du DRASSM (Département des Recherches Archéologiques Subaquatiques et Sous-Marines), c’est un travail quotidien que le musée exerce pour vous offrir une prestation de qualité : un laboratoire de restauration (Moïra Conservation), une équipe scientifique sont présentes pour gérer au mieux la conservation et la restauration des œuvres et des lieux.
Un musée dynamique et ouvert à tous les publics, un lieu de découverte et de sensibilisation pour tous : le service éducatif propose des visites et des ateliers spécifiques pour chaque type de public et chaque tranche d’âge : jeux de piste, contes, dessins, peinture grecque, écriture grecque sur ostraca, fabrication de lampes à huile, initiation aux hiéroglyphes etc.
Des actions spécifiques sont tournées vers les publics empêchés (handicapés, en réinsertion, en échec scolaire, éloignés géographiquement) : atelier tactile, découverte corporelle de la statuaire, atelier olfactif (parfums romains), écriture créative, travail sur le vêtement grec et romain, jeux de société antiques.
Ancré dans un territoire riche d’une histoire trois fois millénaire, il participe à une dynamique régionale en collaborant avec de nombreux acteurs du patrimoine, publics comme privés : mise en réseau des musées archéologiques de la région, projets de mise en valeur du patrimoine auprès du jeune public.
Un programme scénographique multimédia se met actuellement en place. Il apporte aux visiteurs un éclairage original et complémentaire à certaines œuvres. Ainsi en 2011, le musée se voit doté de deux vitrines holographiques inédites, qui redonnent vie aux statues de l’Enfant romain et de l'Ephèbe.
Le musée est un lieu public où le visiteur peut s'informer, regarder, discuter, flâner, se documenter ou apprendre et même y trouver du plaisir. Le patrimoine, accessible à tous, est issu du passé, mais il doit se percevoir dans un espace vivant de rencontres et d'échanges.
